endomiksija (endo- + grč. μεῖξıς: miješanje, općenje), oblik samooplodnje u tijeku koje se spajaju dvije male jezgre (mikronukleusi) koje potječu od iste jedinke; sastoji se od niza promjena stanične jezgre. Najprije se razgradi velika jezgra (makronukleus), a mikronukleus se podijeli u četiri jezgre, od kojih tri nestaju, dok se od četvrte ponovnom diobom stvaraju novi makronukleusi i mikronukleusi. Naziv endomiksija potječe od I. L. Wodruffa, koji je prvi opisao taj proces kod praživotinje papučice (Paramaecium sp.). Proces je sličan konjugaciji, ali kod endomiksije ne sudjeluju dvije jedinke, već samo jedna, pa zato R. Hertwig taj tip razmnožavanja izjednačuje s partenogenezom višestaničnih životinja.
