cis-trans izomerija (lat. cis: s ove strane i trans: preko), vrsta prostorne izomerije. Ako je u organskim spojevima s dvostrukom vezom svaki od dvostruko vezanih ugljikovih atoma povezan s dvama različitim atomima ili atomskim skupinama (npr. s H i COOH u molekuli s formulom HOOC–HC=CH–COOH), moguća su dva izomera. U jednome (cis) isti se atomi ili skupine nalaze na istoj strani, a u drugome (trans) na različitim stranama ravnine dvostruke veze. U kompleksnim spojevima istovrsni ligandi mogu prostorno biti susjedni (cis-položaj) ili udaljeni (trans-položaj).