endemija (prema grč. ἔνδημος: domaći; unutrašnji), pojava neke bolesti koja zahvaća velik broj osoba na ograničenom prostoru, tijekom neograničeno dugog vremena. Bolest može biti zaraza (svojedobno endemski sifilis u našem priobalju ili tzv. škrljevska bolest (→ sifilis) u Bosni; kuga ili kolera u zemljama Afrike i Azije, i dr.), ili pak nastaje zbog neprimjerene prehrane, npr. gušavost u krajevima s premalo joda u hrani, vodi i zemlji (kao npr. u alpskim i karpatskim područjima). Neobjašnjena je podrijetla balkanska endemijska nefropatija u Podunavlju nekih zemalja, pa i Hrvatske (→ nefropatija). Endemija zarazne bolesti može se gdjekad rasplamsati u epidemiju, pa i u pandemiju.