parafiletička skupina (para- + filetički, od grč. φῦλoν: rod), u sistematici živih bića, skupina koja uključuje jednoga (hipotetskog) zajedničkoga pretka i neke, ali ne sve njegove potomke. Koncept i pridjev parafiletički u tome je značenju 1962. uveo Willi Hennig. Parafiletičke skupine ujedno su i monofiletičke prema izvornom shvaćanju Ernsta Haeckela, ali ne i prema danas raširenijem shvaćanju koje u skladu s Hennigovom definicijom monofiletičke skupine izjednačava s holofiletičkima.
Poznati su primjeri parafiletičkih skupina koje su formalno prepoznate u tradicionalnim klasifikacijskim sustavima ribe, gmazovi, rakovi, mahovine, papratnjače i Protozoa (tradicionalno: praživotinje). Te su skupine parafiletičke jer isključuju druge skupine koje su se od njih razvile. Tako tradicionalni razred kralježnjaka ribe (Pisces) ne uključuje tetrapode (Tetrapoda), četveronožne kralježnjake kojima pripadaju vodozemci, gmazovi, ptice i sisavci; razred gmazovi (Reptilia) isključuje ptice i sisavce; rakovi (Crustacea), potkoljeno unutar koljena člankonožaca (Arthropoda), isključuje šesteronošce (Hexapoda), kojima pripadaju kukci. Tradicionalno shvaćene mahovine (odjeljak Bryophyta) i papratnjače (odjeljak Pteridophyta) parafiletičke su skupine jer isključuju vaskularne biljke (u slučaju mahovina), odnosno sjemenjače (u slučaju papratnjača). Skupina Protozoa parafiletička je jer ne uključuje druga carstva (kraljevstva) eukariota koja od nje potječu.
Formalnom priznavanju parafiletičkih skupina u sistematici živih bića protive se predstavnici danas dominantne kladističke ili filogenetičke sistematike (kladistike), koji slijede Hennigova načela, dok se za nj zalažu, ako su takve skupine evolucijski opravdane, predstavnici evolucijske sistematike: George Gaylord Simpson, Ernst Mayr, evolucijski biolog Thomas Cavalier-Smith (1942–2021), botaničari Tod Stuessy (r. 1943) i Elvira Hörandl (r. 1964) i drugi.
Protivnici formalnoga priznavanja parafiletičkih skupina (kladisti) često im znanstvena imena donose unutar navodnika, dok zagovornici evolucijske sistematike drže da se njihova evolucijska realnost (monofiletičko podrijetlo te zajedničke morfološke, molekularne ili genetičke osobine koje izostaju u skupina izvedenih iz njih) ne mijenja zbog toga što su iz njih evoluirale i druge svojte, koje često zauzimaju drugačije ekološke niše (npr. od pretežno vodenih rakova potječu šesteronošci, kojima pripadaju pretežno kopneni i leteći kukci). Razlike u mišljenju dviju glavnih taksonomskih struja dovode ponekad i do različita definiranja skupine istoga znanstvenog naziva. Tako npr. skupina Sarcopterygii u tradicionalnom značenju (evolucijska sistematika) obuhvaća samo ribe mesoperke (pripadaju im resoperke i dvodihalice), dok kladisti u skupinu toga naziva uz ribe mesoperke ubrajaju i sve organizme koji su od njih potekli, tj. sve kopnene kralježnjake. Prema potonjem su shvaćanju i sisavci, pa tako i ljudi, dio skupine Sarcopterygii.
Podrijetlo skupine živih bića može biti monofiletičko (jedan predak) ili polifiletičko (više njih), dok je pojam parafiletičko podrijetlo bez značenja, pa je rabiti ga pogrešno.
