Madagaskar je 1946. postao francuski prekomorski teritorij. Nekoliko političkih organizacija borilo se za neovisnost; antikolonijalni ustanak 1947–48. završio je neuspjehom (oko 11 000 poginulih; više desetaka tisuća ljudi umrlo je od gladi i bolesti izazvanih sukobom). Madagaskar je od 1958. bio autonoman u sastavu Francuske zajednice, a neovisnost je proglasio 26. VI. 1960. Nakon izbora iste godine predsjednik je postao Philibert Tsiranana (premijer od 1958. i čelnik Socijaldemokratske stranke), koji je uspostavio autokratski režim (reizabran je 1965. i 1972). Nakon nemira i općega štrajka u svibnju 1972. vlast je preuzeo general Gabriel Ramanantsoa (dogovorio je povlačenje francuske vojske te suradnju sa Sovjetskim Savezom i drugim socijalističkim zemljama). Tijekom 1972–73. došlo je do etničkih sukoba, a 1975. do borbi oko vlasti nakon ubojstva tek izabranoga šefa vojne vlade, pukovnika Richarda Ratsimandrave. U lipnju 1975. ljevičarsku vojnu vladavinu uspostavio je Didier Ratsiraka. On je potkraj iste godine izabran za predsjednika bez protukandidata (ponovno 1983. i 1989) te je proglasio Demokratsku Republiku Madagaskar i potom nacionalizirao banke, rudnike i pojedine druge gospodarske grane, a do kraja godine iselio se veći dio od približno 140 000 doseljenih Francuza. S Francuskom je Madagaskar ostao u sporu zbog nekoliko manjih otoka u Mozambičkome kanalu (Bassas da India, Europa, Glorieuses, Juan de Nova) te zbog otoka Tromelin, što ga je potraživao i Mauricijus. Etnički sukobi s oko 1000 poginulih izbili su 1977. Od 1986. D. Ratsiraka liberalizirao je gospodarstvo, a početkom 1990-ih došlo je do demokratizacije. Nakon slobodnih izbora 1993. predsjednik je postao oporbeni vođa Albert Zafy, a nakon nemira i izbora 1996. predsjednik je ponovno postao Ratsiraka. U prosincu 2001. održani su predsjednički izbori koji su doveli do novih sukoba i dvovlašća. Izbornu pobjedu Marca Ravalomanane osporavao je D. Ratsiraka do sredine 2002., kada je napustio zemlju. Vlast M. Ravalomanane učvršćena je nakon pobjede njegove stranke na parlamentarnim izborima u prosincu te godine. Potkraj 2006. Ravalomanana je reizabran; njegova autoritarna vladavina izazvala je prosvjede početkom 2009. s više od stotinu poginulih. U ožujku 2009. smijenjen je vojnim udarom, predsjednik je postao Andry Rajoelina, a zbog nasilne smjene vlasti članstvo Madagaskara u Afričkoj uniji je suspendirano. Pod međunarodnim pritiscima novi je režim pregovarao sa svrgnutim predsjednikom te je postignut dogovor o prijelaznom razdoblju do novih izbora kojih se održavanje stalno odgađalo, a u studenome 2011. formirana je vlada. Društvenu stabilnost trajno opterećuje i gospodarska nerazvijenost te rašireno siromaštvo. Nakon općih izbora u prosincu 2013. predsjednik republike postao je Hery Rajaonarimampianina (stupio je na položaj u siječnju 2014). U svibnju 2015. nije uspio pokušaj oporbe da u parlamentu ishodi njegovu smjenu, te je na vlasti ostao do rujna 2018. kada je podnio ostavku da bi se natjecao na novim predsjedničkim izborima. U drugom krugu tih izbora u prosincu 2018. pobijedio je A. Rajoelina koji je siječnju 2019. ponovno stupio na predsjednički položaj. Rajoelina se 2021–22. suočio s nestašicom hrane kao posljedicom ekstremne suše, a u studenom 2023. reizabran je, uz dotad najnižu izlaznost birača na predsjedničkim izborima (zbog poziva većine oporbe na bojkot). U rujnu 2025. izbili su masovni prosvjedi zbog čestih redukcija električne energije i vode. Pošto se početkom listopada dio vojske pridružio prosvjednicima, A. Rajoelina je napustio zemlju, a vlast je preuzelo vojno vijeće šef kojega, pukovnik Michael Randrianirina, je preuzeo i položaj predsjednika republike.
